質問：機関リポジトリ上で付与したDOIが有効化（または墓標化）されません。

DOIを付与されたコンテンツは、各機関リポジトリ毎に決まった曜日にIRDBにハーベストされます。
機関リポジトリ上で付与したDOIが有効化されるまでには、IRDBにハーベストされてから数日かかることがあります。

また、DOIを付与されたコンテンツのメタデータは、通常のフォーマットチェックに加えて特別のチェックを受けます。
チェック条件の詳細は、ハーベスト仕様のページや技術情報のページを参照ください。
チェックの結果エラーがあった場合、コンテンツがIRDBに収録されませんので、
そのコンテンツの情報がIRDBからJaLCに連携されることもなく、DOIは有効化されません。

DOIの墓標化も、有効化と同様の理由で時間がかかることがあります。